肛瘘必须要行手术治疗，因内口位于肛内，与肠腔相通，口服或静滴抗菌药物治疗只能缓解其感染的症状，而不能将肛瘘根治。
肛瘘手术成功的关键在于术中要将内口准确地寻找到，并将其处理好，或将其切开或进行挂线处理，只有这样，内口才有可能完全愈合，感染不会反复发生，肛瘘才能得以治愈。
所以患了肛瘘之后，不要盲目的自行治疗，要到医院肛肠科就诊，听从肛肠科医生的建议，以防延误病情反复发作，严重时可导致形成瘘管癌。