临床上炎性肉芽肿是指慢性炎症在局部持续的刺激，形成了以肉芽肿为特点的病变。肉芽肿指由巨噬细胞在局部增生构成的结节性病灶变化，通常有清楚的界限，肉芽肿本身主要是上皮样细胞和多核巨细胞。
由于炎症病灶的持续存在会引起大量的炎症细胞聚集，包括淋巴细胞、浆细胞、单核细胞在病灶内的浸润，然后形成慢性的、持续性的损害，会造成较为明显的纤维结缔组织增生、甚至是瘢痕增生等常见的慢性炎症，有包括慢性肠炎。
当炎性肉芽肿生成比较大时会形成肠梗阻，还有在黏膜形成的息肉、宫颈息肉，有的在肺内也会形成一些瘤一样的物质。