乙状结肠镜并非只能检查痔疮，乙状结肠镜除了能够检查痔疮，也能够检查肛乳头瘤、肛窦炎等肛门其他疾病。还可以检查直肠以及部分乙状结肠的疾病，包括直肠和乙状结肠炎症性疾病以及肿瘤、息肉等。
乙状结肠镜最主要的作用是用于大肠肿瘤的初步筛查，因为在大肠肿瘤中，直肠和乙状结肠肿瘤发生概率是最高的，直肠和乙状结肠肿瘤的发生概率共占大肠肿瘤的70%以上。
但乙状结肠镜检查范围相对局限，对于近端的结肠并无法检查，所以必要时还需要配合结肠镜的检查。