治疗甲状腺功能亢进症，常用的药物是甲巯咪唑或者是丙硫氧嘧啶。使用这类药物治疗甲状腺功能亢进症，疗程比较长，大约需要一年半到两年。复发率比较高，在50%~60%。患者如果不按计量、时间进行甲亢的治疗，复发率会更高。
在治疗的同时，有些患者由于甲亢本身或者是抗甲状腺激素合成的药物，对肝脏以及造血系统的影响，有些患者还应该加一些保肝的药物，包括水飞蓟宾或者是复方益肝灵。
对白细胞有下降的患者，还可以用利血生，使肝脏功能、周围血白细胞以及甲状腺激素的水平，均调整在正常范围内。全疗程一年半到两年，要培养患者的依从性，不要擅自停药。