顽固性便秘治疗的目的不仅仅是通便，应该包括恢复正常的胃肠传输和排空，调节大便的质地，解除便秘引起的不适，建立正常的排便规律和排便行为以及去除病因等，要达到上述的目的并不是很容易，不是一剂泻药就能够解决的。
总的治疗原则包括改变生活饮食习惯、增加膳食中纤维和饮水量、消除紧张、调整正常的心理状态，对于轻型的便秘患者可能有效，但是对于通过上述调整没有效果的患者，应该积极寻找可能存在的病因。并且给予药物或者是特殊的治疗手段，药物包括促动力药，如莫沙必利等，轻泻剂选择要慎重，避免长期使用刺激性的泻药。对于有精神紧张和焦虑症状的患者，可以选择小剂量的抗抑郁和焦虑药物。对于确诊为出口梗阻便秘者，药物治疗大多数是没有效果的，建议采用生物反馈行为训练，纠正不正确的排便行为。