肠气囊肿需要吃的药物，主要是各种抗生素以及胃肠黏膜保护药物，也可以给患者服用B族维生素类药物，促进疾病的缓解。有资料显示，给予抗炎治疗后，肠气囊肿可以自行消失。
如果通过保守治疗以及饮食结构调整的治疗方式，症状没有改善时，需要给予手术治疗。尤其是有出现肠穿孔、急性完全性肠梗阻、肠壁坏死、肠道肿瘤等并发症时，更需要手术治疗，也可以在内镜下注射亚离子针刺治疗。同时，也需要积极治疗原发疾病。