囊肿很少一部分是恶性的，大部分的情况下都是良性的，都表现为上皮组织细胞形成的囊壁，包裹着一团液体样的囊液。它可以生长在人体的表面，如皮脂腺囊肿、表皮囊肿、甲状腺乳腺囊肿。也可以长在体内，肝脏、脾脏、胰腺、肾、卵巢等地方。
囊肿的恶变可能性比较低，但是临床上还是可以碰到部分囊肿恶化的情况，如卵巢巧克力囊肿就有恶变的可能。肝囊肿如果与胆管相通，长期受到胆汁的刺激，或者合并有细菌感染，就会有癌变的可能。
另外，囊肿囊壁在长期的细胞增殖过程中，可能发生基因突变，转化成为恶性。所以，一旦发现囊肿建议尽早手术治疗，免得发生恶变。