输尿管囊肿一般都是良性的，出现恶性的概率较低。
输尿管囊肿通常为先天性发育异常所导致，一般通过手术进行治疗。对于轻度的囊肿，引起的排尿困难等症状较轻，主要考虑进行经尿道输尿管囊肿切除术。通过内镜的方式将输尿管中的囊肿切开，使尿路通畅，避免出现尿路感染或者是肾积水等疾病。
如果输尿管梗阻比较严重，囊肿较大，患者的肾脏功能没有太大损伤，可考虑进行输尿管囊肿切除术。通过手术将输尿管囊肿彻底切除，恢复尿路的通畅性。已经出现了严重肾脏损伤的患者，应考虑进行肾脏切除术或者是肾脏部分切除术。