大部分眼眶囊肿都不是恶性的。
临床上，眼眶囊肿多属于良性占位性疾病，一般不会出现恶性癌变。眼眶囊肿并不是单一的一种疾病，而是包括眼眶皮样囊肿、眼眶表皮样囊肿、寄生虫囊肿、眼眶血性囊肿等在内的一类疾病的统称。
部分囊肿与先天性发育异常相关，部分囊肿是代谢异常的病理产物，给予及时的手术处理并定期监测复查，囊肿大多不会癌变。小部分眼眶皮样囊肿病情迁延发展，干预治疗不及时，在不断增长的过程中可能会有恶化的情况出现。