新生儿的心律失常，可以发生在宫内或者生后。宫内发生时称为胎儿心律失常，出生后发生心律失常的原因是多方面的。常见的病因有下面几种。
一是各种器质性心脏病，如先天性心脏病、病毒性心肌炎以及心肌病等等。
二是各种新生儿感染性疾病，有新生儿肺炎、败血症、上呼吸道感染、肠道感染等。
三是新生儿窒息缺氧，是引起心律失常的常见原因。其他围产因素，如孕母产前及产程中用药、胎儿脐带绕颈、头盆不称、宫内窘迫等皆可引起心律失常。
四是水电解质平衡紊乱，如低血钾、高血钾、低血钙、酸中毒等及某些药物如洋地黄的。
五是新生儿心导管检查及心外科手术。
六是健康新生儿，可以发生心律失常，其原因可能与其传导系统发育不成熟有关。