肠道功能紊乱不是肠炎，是两种完全不同的概念。
肠功能紊乱包括肠道的一系列症状，有可能是很多原因导致，而并不是单独的某一种疾病。而肠炎本身就是一种疾病的名称，是指肠道的炎症感染性疾病。肠道功能紊乱时，有可能会导致患者出现肠炎所出现的腹胀、腹泻。
上述两种不同概念的用药也会有所不同，肠功能紊乱主要是给患者使用调节肠道功能的药物，有可能会使用肠道微生态制剂。而肠炎主要考虑是炎症感染性疾病时，主要是使用抗感染药物治疗。