脑部CT和核磁共振的区别最大的是原理不同，一个是X线为基础，一个是电磁波切割磁力线产生的图像。由于原理不同，所以受到限制也不同。
核磁共振检查在磁场环境中，身体中有心脏起搏器、支架、钢钉钢板等金属异物都不能做核磁共振检查。相对CT而言就简单多了，没有那么多限制。核磁共振优势没有辐射，CT有辐射。CT优势扫描速度快，脑出血急诊检查，很快出结果，可以为患者抢救生命提供更多时间。
核磁共振可以发现6小时之内的新发梗塞，CT24小时之后才可以发现梗塞，临床医生如果6个小时之内溶栓，可以提高大部分患者治愈率，提高患者生活质量。