头部CT和头部核磁共振区别从原理来说一个有辐射是X射线为基础，一个是没有辐射，是磁场根据不同电磁波切割磁力线为基础。
从用途来说，头部CT是最重要急诊检查项目，可以快速识别脑出血，为临床医生提供可靠依据，为抢救患者生命提供宝贵时间。这时应用核磁共振检查就无能为力，因为核磁共振检查时间长，对急性脑出血不敏感。
核磁共振检查也有它的优势，可以发现6小时之内的新发梗塞，而CT只能发现24小时之后的梗塞，所以核磁共振发现早及时溶栓可以提高患者预后生活质量，这是头部核磁共振检查的最大的优势，现在其他检查不可替代的检查项目。
总体来说对于头部核磁共振检查优势大于CT主要是没有辐射，但是扫描慢，限制多，价格贵，两种机器各有利弊。