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脑部核磁共振一般可以用于中风的诊断，而且效果比较好。但是在临床上一般不主张用核磁共振做急性中风的检查来鉴别诊断。 因为CT检查的效果也很好，并且价格便宜、检测速度快、设备普及高。所以主张急性中风的首选检查是CT，而不是磁共振。 但是CT在显示小脑和脑干的小病灶时，不如磁共振全面，而且发现早期病变也不如磁共振敏感。所以对于慢性的中风，还是磁共振的效果更好。
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