小儿衣原体肺炎是不能够自愈的。患者一旦确诊，就应该要积极的配合医生，服用抗衣原体的药物来进行治疗缓解症状。
衣原体肺炎，会导致孩子出现咳嗽、咳痰、发热等一系列的状。而且衣原体感染的肺炎是不容易恢复的，病情容易反复发作。所以，患者一旦确诊，就应该要积极的配合医生，通过口服药物或者是进行静脉滴注输液的方法来进行治疗，也可以配合物理降温缓解症状。
在患病期间也要注意多喝水，促进排泄，提高抵抗力。