孤立性直肠溃疡综合征的诊断方法有2种：
1.乙状结肠镜或纤维结肠镜：离肛门3-15cm的直肠前壁黏膜可见孤立性溃疡，它们是圆形或准圆形的，多数为单或多发性溃疡，周围黏膜肿胀为结节状。活动期溃疡浅表、局部黏膜增厚，少数引起直肠狭窄。
2.X线检查：可见直肠单处或多处溃疡、肠狭窄、黏膜结节状改变。
3.活体组织检查：表现为非特异性慢性炎症改变、黏膜表面糜烂、溃疡形成、表面覆盖假膜结构、黏膜肌层增厚、腺体间纤维组织增生、淋巴细胞和浆细胞浸润、直肠腺细胞后期生长明显。