小孩睡觉时咳嗽，最为常见的原因是呼吸道感染性疾病，比如鼻窦炎、鼻炎、咽炎等。特别是在平躺的时候，鼻咽部的分泌物会沿着咽部流入气道当中，气道一旦受到刺激便容易引起咳嗽，目的是将这些分泌物排出体外。
另一方面，由于睡觉时迷走神经兴奋性增强，交感神经兴奋性会有所下降，而迷走神经容易引起心率减慢、气管痉挛。这时分泌物也会难以排出体外，进而引起刺激性咳嗽，多见于支气管哮喘，与过敏因素有一定关系。
建议尽快到医院完善过敏原、肺功能、鼻窦CT等相关检查。