在进行肠镜检查时，只要是严格按照规范进行操作，一般不会对肠黏膜造成损伤。但是有些患者如果有腹部手术史、在操作的过程当中操作不当、进行检查的过程当中患者不配合等，也有可能会导致对肠黏膜的损伤。
另外，在进行肠镜检查时，也属于一种有创的检查，在检查的过程当中，也可能会有出血、肠穿孔等情况存在。
在进行肠镜检查时，尽量去正规的医院，进行全面身体检查以后确定无异常现象，才可以进行肠镜检查。在进行检查时一定要配合医生，可以降低并发症出现的几率。