做肠镜检查时是有可能损伤肠黏膜。肠镜虽然是软管，但结直肠黏膜娇嫩，在循腔进镜的过程中，镜身与肠镜头端在旋转时不可避免地与肠黏膜紧密接触。尤其是肠管的弯道处，可能会出现肠黏膜的充血、水肿、局部黏膜擦伤，但一般几个小时后可恢复。
如果病人有妇科手术史或者反复的开腹手术史，导致肠粘连、肠管固定，做肠镜检查时，可能会因转弯角度过大导致肠黏膜破损，甚至穿孔的可能。
所以，肠镜检查是一种侵入性检查，有一定的风险。操作时要循腔进镜，动作要轻柔，避免暴力进镜，尽量不要损伤肠黏膜。