肛瘘的治疗方式有很多种，如果肛瘘表浅，可以行肛瘘切除缝合术，如果肛瘘内口位置高，应行肛瘘切开挂线术。
如果行肛瘘切除缝合术，因肛瘘位置表浅，切除组织少，再加上患者年龄较轻，愈合能力强，伤口的愈合会很迅速，一般7-10天就可以痊愈，但要注意避免假性愈合的情况。
肛瘘切开挂线的手术清除组织较多，位置比较深，需要保证肉芽组织自底部向上生长才能彻底的愈合，需要的时间一般比较长，有的甚至会需要1个月的时间，伤口愈合期间，要不断地调节挂线的松紧程度。