尿路软斑症一般情况下是因为细菌侵犯泌尿系统，所出现的炎症性反应。细菌一般来自于胃肠道，最常见累及膀胱，所以对于尿路软斑症的患者，首先应该行抗生素对症治疗。
一般首选广谱的抗生素，在应用抗生素前应该行引起尿培养检查，根据尿培养结果及药品的实验选择敏感的抗生素对症治疗。此外还可以应用抗胆碱药物以及维生素等来治疗，以纠正体内吞噬细胞功能缺陷。
对肾脏出现的尿路感染症患者症状可反复发作，有时经久不愈。如果对侧的肾脏功能良好，可以选择手术，将患侧的肾脏切除。