尿路软斑症病因复杂，目前临床上尚未发现明确的病因，但临床研究发现，尿路软斑症的患者常伴有营养不良和其他疾病，目前一致认为尿路软斑与宿主免疫缺陷有关。
然而体液免疫异常对软斑症的发病没有明显影响，主要是细胞免疫功能低下，使吞噬细胞吞噬细菌功能降低，造成溶酶体内环境的改变，致使未被消化的细菌碎片钙化，细菌本身也能产生内胞质膜或毒素来抵抗吞噬作用，或者使体内吞噬消化能力丧失。
目前对于尿路软斑症的治疗，需要长期应用抗生素，还要注意休息，合理饮食。