首先是吻合口梗阻，术后最常见的并发症，包括功能性和机械性的梗阻功能性梗阻。
近端肠管蠕动功能不良，由于闭锁近端肠腔内压力持久增高以及肠管扩张肠壁肌层肥厚、蠕动功能不良或消失、肠吻合前未切除该段肠管或者是切除不彻底，以致影响吻合口通过功能。
远端场馆发育不良，胎儿发生肠闭锁后，原端肠腔内长期处于空虚状态，肠管发育不全肠壁无蠕动施行肠切除吻合术后，远端肠管功能的恢复需要一定的时间，因此出现暂时性吻合口梗阻。
机械性梗阻吻合技术不佳，是吻合口梗阻常见原因如远近两端场馆口径不相称，吻合时近端肠壁过多折叠或缝合时对方组织过多。造成吻合口狭窄或者是梗阻术后肠粘连，导致吻合口附近肠管扭曲或者是折叠，使吻和口成角梗阻。
吻合口瘘晚期病例，伴有水电解质的紊乱，低蛋白血症。维生素缺乏和黄疸等原因，影响吻合口胶原纤维形成和组织愈合，坏死性小肠、结肠炎、小肠闭锁、肠管血液供应原有先天性缺陷，如脱水均可至肠道内血流减少，非循环灌注不良而触发坏死性小肠、结肠炎的发生病变可能累及小肠和结肠。
短肠综合症，可发生于多发性小肠闭锁，因食物通过小肠时间缩短或乳糖和其他化合物吸收障碍，致肠内容渗透压改变病、继而发生腹泻和营养障碍，出现低体重、低血钠、低血钾症和发育迟缓等。
处理上，早期应该以维持病人生命为主。给予低脂肪、高碳水化合物食品，积极补充维生素和微量元素。