内分泌失调引起的闭经，需要根据不同的病因采取不同的治疗办法。有的需要人工月经周期治疗，有的需要雌孕激素替代治疗，有的需要手术治疗，有的需要治疗原发疾病。
由于内分泌疾病导致的闭经，有下丘脑垂体性闭经。垂体性闭经可以根据甲状腺激素的不足或者是肾上腺皮质激素分泌不足，补充相应激素治疗。下丘脑中枢性的闭经需要治疗原发疾病，子宫性闭经可以采取人工月经周期的治疗，卵巢性闭经可以采取雌孕激素替代治疗。
如果是泌乳素瘤，需要应用溴隐亭治疗。如果是药物引起的闭经，需要停药。