肛瘘可以采取微创手术。将直肠镜探入到肛门里面，然后用电凝将肛瘘的内口凝固闭合，最后将瘘管内的脓液清洗干净。
这种手术方式创伤小、恢复快、并发症少。另外，治疗肛瘘的方法还有洗剂坐浴、局部涂抹药膏、肛瘘挂线、手术切除瘘管等治疗。
患者术后应该注意定期给伤口处换药，注意伤口处的清洁卫生。饮食上，患者在术后的前几天，应该先予以少渣或无渣的饮食，减少排便，以免造成伤口处的感染。