慢性细菌性痢疾的发病原因多是由于急性菌痢没有完全治愈，导致炎症长时间存在于肠道内而引发的一种临床表现。
炎症慢性化的情况多考虑和患者自身免疫力下降有很大的关系。患者可能会长期出现腹泻、腹痛或者脓血便等临床表现。当感冒着凉或饮食不当时，容易造成慢性炎症急性发作。
慢性细菌性痢疾，按照中医，也可以考虑是因为脾虚而引起的脾失运化表现。可以适当的选择具有补脾作用的中成药，配合提高人体免疫力的药物同时治疗。急性发作期需要使用喹诺酮类的抗生素进行消炎治疗。