靶向药物和化疗在药物的作用机制、药物治疗后引起的毒副反应方面存在较大的区别：
首先，靶向药物主要针对的是肿瘤细胞，它可以选择性作用于肿瘤细胞，对于正常细胞组织的影响小。而化疗药物它是一种普遍的细胞毒性药物，它对于肿瘤细胞和正常组织细胞均有杀伤作用。
其次，由于两者作用机制不同，因此它们所引起的毒副反应也存在较大的区别。靶向药物副作用较少，主要会出现皮疹、腹泻、血压波动及出血等副作用。而化疗副作用较多，可以在全身多个系统引发毒副反应。