首先大部分的肛瘘主要是由于直肠肛管周围脓肿引起，而绝大部分直肠肛管周围脓肿是由肛腺感染引起。所以为了预防肛瘘情况的出现，最主要就是预防肛腺感染。需要针对导致肛腺感染的相关疾病予以预防，引起肛腺感染的原因主要是由于腹泻、便秘、肛周皮肤感染损伤等原因所引起。
所以，在平时生活中一定需要保持良好的生活习惯。比如多吃蔬菜，多吃水果，多吃富含膳食纤维的食物，养成定时排便的习惯，同时积极治疗肛肠科相关疾病，均是预防肛瘘发生的方法。