怀孕的时候出现肛瘘是一个很棘手的事情，因为妊娠期使用药物治疗肛瘘，容易导致胎儿畸形，进行手术治疗，可能会导致流产甚至是早产，所以这时候怎样治疗肛瘘是一个难题。
如果肛瘘一直处在静止期。患者一般无任何症状或仅有轻微的不适，只要保持大便通畅，避免便秘和腹泻，肛瘘就不会反复发病，所以不需要特殊治疗。
如果肛瘘处于慢性感染期。位于肛门周围的外口处会流出脓液，肛门周围会感到潮湿及瘙痒，只要肛门处的疼痛症状不明显，而且没有发热的情况，可给予消肿止痛的中药泡水熏洗以减轻炎症，同时注意保持大便正常，症状很快也可以缓解。
如果肛瘘处于急性期时。局部出现红肿热痛的症状，而且还出现了新的肛周脓肿，这时应及时到正规医院的肛肠科就诊，应根据病情选择合适的治疗方案。