其实绝大多数的肛瘘复发是由于手术时内口或者瘘管未完全处理干净，所以预防的关键在手术医生。
肛瘘手术前应做详细的检查，最好能够做直肠腔内超声或者磁共振的检查，以明确肛瘘内口的数量、位置，以及瘘管的走形，防止手术时遗漏内口和瘘管的处理而导致术后复发。
另外，还有种情况是术后手术切口的假性愈合也会导致肛瘘复发。患者在术后需要注意便后切口的清洁与消毒，要定时换药，使切口从最底部开始逐渐愈合，防止切口周围皮肤早期愈合，形成假性愈合而导致肛瘘复发。