胃结核的临床表现极不一致，有的无症状或轻度的异常；有的与慢性胃炎、胃癌相似，多呈溃疡样。病人上腹部不适或疼痛，常伴有反酸和打嗝，腹痛与饮食无关。除了胃部症状外，还可伴有全身肺结核症状，如疲劳、体重减轻、下午发烧、盗汗等。
体检时，上腹部有时可触及不规则肿块。当有幽门梗阻时，上腹部可见胃形、蠕动和震水声。胃结核无特征性临床表现，X线、胃镜检查，也可能没有异常的表现，所以临床诊断困难。
近年来，胃镜活检确诊的患者逐渐增多，部分患者避免了手术。