非溃疡消化不良会发生的并发症主要是营养不良以及维生素的缺乏，也可能会出现低蛋白血症。
患者出现上述并发症，可能与患者的蛋白质、维生素的消化、吸收障碍有一定的关系。部分患者还可能会同时有失眠、焦虑、头痛、注意力不集中等精神症状。出现维生素缺乏时，可能会引发心脑血管疾病以及视力下降。
为了促进疾病的缓解，需要患者养成良好的生活习惯，需要规律作息，避免烟、酒、咖啡等刺激性食物的摄入。同时也需要给患者使用质子泵抑制剂，以及促胃动力药、助消化药物。