患者如果出现腰5骶1、变性膨出、骶管囊肿，目前的治疗方法主要有临床观察、以及手术治疗和药物治疗等等。
第一，临床观察。自从磁共振检查在临床上广泛应用以来，骶管囊肿的发现率也就越来越高。但是大多数的骶管囊肿是没有症状的，对于没有症状的骶管囊肿是不需要治疗的，可以临床观察。
第二，药物治疗。有一部分骶管囊肿症状比较轻微，也不影响日常的生活，可以使用一些营养神经的药物以及止痛的药物。但是药物治疗只能够缓解症状，不能够治愈。
第三，外科手术治疗。对于已经产生明显症状的骶管囊肿，需要行外科手术治疗。
手术是在显微镜下的精细操作，术中应该找到骶管囊肿的瘘口，并且妥善处理，并且防止神经损伤。