亚急性甲状腺炎所引起的甲状腺功能减退症，如果患者症状明显，同时甲状腺激素水平下降明显，促甲状腺激素水平明显升高，应该给予适量的左甲状腺激素替代治疗。在治疗的过程中，及时复查甲状腺激素的水平。大多数亚甲炎的患者发生的甲减都是一过性的，所以要逐渐地减量。
大约有3%的亚急性甲状腺炎的患者可能发生终身性甲状腺功能减退症。这部分患者需要终身使用左甲状腺激素，但是这种情况比较少。患者如果症状不是十分明显，一般发生的一过性甲状腺功能减退症是不需要特殊处理的。
如果患者持续出现甲减超过3周，建议给予左甲状腺激素替代治疗。