肛瘘需要做肛门指诊，因为肛门指诊可以分辨出肛瘘的内溃口位置，明确瘘管的走向，对于肛瘘手术的成功率有着很大的影响。
肛瘘是由肛窦上的的内溃口、肛周软组织上的外溃口，以及内外口间皮下的瘘管组成。复杂性的肛瘘，可以有多条瘘管及很多外溃口。
肛瘘术前通常要进行详细的专科查体。肛瘘的检查通常要进行肛门软组织的触诊，明确瘘管的数量和走向，行肛门指诊明确内溃口的位置，从而选择手术方式。在完整切除肛瘘的时候，尽最大努力保持肛门的生理功能完整。