肛瘘的患者需要做肛门视诊、肛门指诊、肛门镜检查和肛周磁共振检查。肛瘘形成后，患者主要表现为肛门附近有持续性的疼痛，走路和坐下时疼痛会加剧，肛门会排出难闻的粪水，流出脓液。
出现上述症状可以到肛肠科就诊，首先做肛门视诊，可看到肛周的皮肤会出现有突出的外口，外口会分泌炎性的分泌物。然后再做肛门指诊，可触摸到外口，有通向肛内的条索状物。然后再做肛门镜检查，在镜下观察肛窦处是否有感染、分泌物。最后，还辅助肛周磁共振检查，判断肛瘘的走向以及肛瘘的内口在什么部位。