亚临床甲亢和甲状腺功能减退症是截然相反的两个疾病，它们的区别是发生的机制不同、临床表现不同、治疗也是不同的。
亚临床甲状腺功能亢进症是由于血中的促甲状腺激素降低而导致的，临床上可以有也可以没有高代谢症候群症状的一种疾病。甲状腺功能减退症是由于甲状腺激素分泌减少而导致的游离甲状腺激素降低、促甲状腺激素升高的一种在临床上表现为低代谢症候群的一种疾病。
亚临床甲亢可以根据促甲状腺激素的数值决定观察还是抗甲亢治疗，甲状腺功能减退症需要服用左甲状腺素片进行替代治疗。