如果肛瘘的病史很长，而且局部经常用外抹药物来进行治疗，在药物长时间的刺激下，就可能导致肛瘘发生恶变。
所以在患了肛瘘之后，不要进行药物治疗。因肛瘘的内口位于肛内，如果内口得不到有效的处理就不能愈合，会反复发生感染，从而导致肛瘘的病情反复发作，而药物治疗只能缓解肛瘘感染的症状，是不能治愈肛瘘的。
治疗肛瘘的有效手段只有手术，或行肛瘘切除术或行肛瘘切开挂线术，两者都能很好的将内口治愈，从而治愈肛瘘，而且术后也不会复发。