肛瘘有可能会发生恶变，但这种可能性比较低，在临床上也非常少见。由于肛瘘不经手术治疗并无法自愈，会有反复的肿痛以及流脓，瘘管内会有持续的感染。
长期慢性的炎症刺激以及脓液的刺激，有可能会导致局部组织变性，最终导致恶变而形成肛管癌或者肛门周围癌，特别是对于一些病史超过10年以上的肛瘘患者，其发生癌变的概率会有所提高。
所以，肛瘘患者一经明确诊断，应及时行手术治疗，以防止其出现反复感染，将单纯性肛瘘变成复杂性肛瘘，增加后期治疗的难度，也可以防止其出现恶变而导致一些严重的后果。