非结核分支杆菌性角膜炎是革兰阴性杆菌性角膜炎，是一种典型的机会性感染。非典型分支杆菌，也叫非结核分支杆菌，称为抗酸杆菌。分为偶发分支杆菌及龟分枝杆菌两种。
偶发分枝杆菌性角膜炎，首选1%的丁胺卡拉霉素滴眼液，可以口服强力霉素或口服磺胺类药物。
龟分支分支杆菌性角膜炎首选红霉素及妥布霉素进行治疗。特别注意的是，糖皮质激素局部运用可加重病情，也要慎用。也要警惕长期使用糖皮质激素滴眼的患者也有可能发生本病。
重症病历可采用手术清创，晚期多数需要行角膜移植术。