非结核分枝杆菌性角膜炎是在角膜异物或配戴角膜接触镜后、或者眼部手术后，例如角膜移植、放射状角膜切开、角膜屈光术后，出现无痛性的角膜炎症。病程长，早期为局限性致密灰白基质浸润灶，伴有放射状浑浊。两三天后病灶迅速扩大加深。
严重时出现前房积脓，可以合并病毒、真菌和其他细菌感染。临床症状变异性比较大，有的病例不痛，有的会眼痛。有的很快治愈，有的治疗非常困难。
临床确诊需要行角膜刮片做抗酸杆菌染色和培养。全身或局部重症免疫功能低下患者也可能引发此病。