半夜胃痛痛醒，通常是由于消化性溃疡，尤其是十二指肠球部溃疡所引起的。对于此类患者，可以通过口服抑酸保护胃黏膜的药物来治疗，如奥美拉唑、雷贝拉唑、法莫替丁、雷尼替丁及麦滋林、果胶铋等药物治疗。
如果患者经常出现半夜胃痛的情况，应及时行胃镜及幽门螺旋杆菌检查，根据检查结果必要时给予抗幽门螺旋杆菌的药物治疗。
另外，半夜胃痛痛醒也可以见于夜间饮食不规律所引起，如夜间腹部受凉、饮食过量，或者进食了大量生冷、辛辣、刺激的食物等。对于此类患者，除抑酸保护胃黏膜的药物以外，可以适当口服缓解胃肠道痉挛的药物，如颠茄片或加强保暖来改善症状。