胃肠道伴癌综合征的发病机制是跟体内的蛋白质丢失以及小肠绒毛萎缩有一些相关性，而导致蛋白丢失以及小肠绒毛萎缩的原因，有可能有胃肠道黏膜的病损、溃疡以及胃肠道黏膜的糜烂，这些情况都会导致蛋白的渗出，引起小肠黏膜萎缩，还有一些炎症的原因，导致小肠黏膜的萎缩以及肠管蛋白的丢失。
临床上常见的肠淋巴管的阻塞以及肠腔内的压力升高，使含有蛋白质的肠间质不能保持它的压力，反而使蛋白渗出，进入肠腔而发生蛋白丢失。
胃肠道慢癌综合征的临床症状比较严重，会引起全身的水肿乏力，严重者还有可能会导致电解质的紊乱、失水性休克，甚至危及患者生命。