肺孢子菌肺炎的患者可以出现干咳，通常为刺激性的咳嗽、痰少，少数患者可出现少许白粘痰。患者逐渐出现活动后的胸闷气促，程度逐渐加重，严重者可出现呼吸困难甚至是端坐呼吸。
患者通常可以出现不同程度的发热，多为中度发热为主，部分患者可以出现高热，临床上有时还见到患者出现痰中带血的现象。但其发生率并不高，患者全身乏力明显、食欲减退、体重减轻，部分患者还可以出现腹痛、腹泻等临床症状。
对于艾滋病的患者，当其合并了肺孢子菌肺炎时，其进展相对缓慢，持续时间相对更长，对于严重的患者可以出现呼吸衰竭，颜面部发绀明显。而非艾滋病患者进展速度更为急剧，病死率高，全身炎症反应较重。