慢性甲状腺炎一般是指慢性淋巴细胞性甲状腺炎，其中的一部分是可以变成甲状腺功能减退症的。
但是甲状腺功能减退症产生的原因有很多种，其中包括慢性淋巴细胞性甲状腺炎，还包括甲状腺手术以后以及核素碘-131治疗以后所导致的甲状腺功能减退症，还包括由下丘脑-垂体病变所发生的继发性甲状腺功能减退症，也包括由于碘元素过多、碘元素过少所导致的甲状腺功能减退症。可见慢性淋巴细胞性甲状腺炎发生的甲减只是甲减发病过程中的众多之一。
慢性淋巴细胞性甲状腺炎所发生的甲减一般是病史比较长，发生甲减时应该给予对症的治疗，用左甲状腺激素替代治疗。