环磷酰胺在应用中较常见的不良反应，可表现在血液系统方面，可导致骨髓抑制，以白细胞减少最为常见，这种情况常出现在刚用完药后的一两周之内。
环磷酰胺为抗肿瘤药，患者使用后也易引起胃肠道不适，可出现食欲下降、反胃、恶心、呕吐等不良反应，还需注意对肝功能的影响。环磷酰胺的不良反应，还包括泌尿系统反应，可出现少尿、血尿、蛋白尿、出血性膀胱炎等。
总之，本品作为一个化疗药物也会出现大多应用抗肿瘤、化疗药物容易出现的一些副作用，因此用药过程中一定要注意做好相关监测和检查。