新生儿衣原体感染常见衣原体肺炎和包涵体结膜炎。
包涵体结膜炎多数可以治愈，如果慢性持续感染，反复发作有可能留有瘢痕，少数会影响视力。衣原体感染是通过抑制细胞的代谢、破坏、溶解细胞导致溶酶体释放，代谢产物的细胞毒作用引起全身变态反应和自身免疫导致发病。
因为衣原体对热敏感，对75%酒精也比较敏感，干燥环境也不适宜生存，所以新生儿衣原体结膜炎预防可以通过流水洗手或者毛巾、衣物太阳下暴晒或者开水煮沸等方法预防。新生儿衣原体可以在生产时通过产道感染，所以做好产前保健，可以阻断垂直传播。