新生儿出血症是有可能遗留后遗症的。
新生儿出血症主要是由于维生素缺乏，从而导致体内某些维生素K依赖凝血因子，以及活性降低的一种自限性的出血性疾病。由于近年来对于刚出生的新生儿常规注射维生素K1以后，这种疾病的发病率明显减少，预后也明显地改善，遗留后遗症的可能性也减小。
但是有一些小部分落后的地方有可能会存在严重的后遗症，比如头颅出血、脐带出血、消化道出血等，非常严重的情况有可能会出现失血性休克，甚至是严重的脏器功能衰竭，从而出现智力低下、癫痫、脑瘫等后遗症。