新生儿衣原体感染需要药物治疗。新生儿出生后身体抵抗力比较差，是容易出现感染。如果检查确诊属于新生儿衣原体感染，临床中，会选择阿奇霉素、红霉素治疗。
出现新生儿衣原体感染，没有明显的并发症，就不会有太严重的影响。不会出现影响生命安全情况，阿奇霉素吸收效果快，可以给新生儿使用，这样药物疗效和效果更好。
用药治疗，也要定期给孩子做复查，能够及时的观察孩子病情的变化，和药物使用后的效果。通过临床症状和复查情况，及时的调整用药和治疗方案。