新生儿泌尿系统感染多是由于致病菌感染引起，绝大多数为革兰阴性杆菌，因此治疗新生儿泌尿系统感染，应该有针对性的抗菌治疗。
引起新生儿泌尿系统感染的常见的病原体为大肠埃希菌、克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌等，以大肠埃希菌为主，因此可以采用广谱抗生素治疗。新生儿泌尿系统感染途径多为血行感染，同时可伴有全身的症状，可表现为体温偏高、吃奶差、喂养困难、腹泻等。新生儿泌尿系统感染容易伴有败血症，因此应该进行全身性的治疗。
当有其他症状时，如发热症状，还要进行解热镇痛来缓解。对于有尿路感染症状者，可以采用抗胆碱药物，减轻尿路刺激症状。